当院の前身は1896年（明治29年）10月開設されたわが国はじめての胃腸病専門の病院・胃腸病院で、開設以来120年を超える歴史を有しています。
開設者・長与称吉の父専斎は緒方洪庵門下で明治政府の医事行政に功績のあった人です。
称吉は明治17年、19才でドイツに留学、消化器病学を研鑽の末ドクトルの学位を得て明治26年に帰朝、当時の日本橋本町（現在の日本銀行付近）でわが国はじめての胃腸病専門の医院を開業しました。

本院の始まり

その後明治29年当時の麹町区内幸町（現在の千代田区内幸町）に病院を建設したのが本院のはじまりです。 現院長の平山洋二は第５代目の院長で、長与専斎の曽孫にあたります。
当時の建物は木造２階建ての和式の建物で、病室も畳敷きでした。
当時の胃腸病院の様子は、明治３１年発行の風俗画報・東京名所図絵に紹介されています。司馬遼太郎の小説「坂の上の雲」に出てくる秋山真之や夏目漱石が入院したのもこの病院です。
また、明治３１年１２月に本院を中心として形成された胃腸病研究会が、現在の日本消化器病学会へと発展したという歴史があり、本院は長い間わが国における胃腸病研究の中心であったのです。

本院の始まり

本院は関東大震災の後、同所に鉄筋コンクリート３階建ての病院が再建され、さらに昭和４３年、現在の
四谷に移転しました。
本院は開設１００年に当る１９９６年（平成８年）に全面改装をして 診療機器も一新されました。
平成２２年４月、病棟を閉鎖し平山胃腸クリニックとして開業いたしました。そして平成２８年１月、四谷再開発に伴い、大京町に移転し新たなスタートをきりました。